В поисках генетических факторов, лежащих в основе диабетической ретинопатии, исследователи Иллинойского университета в Чикаго также определили новый подход, который можно использовать в качестве шаблона для изучения других заболеваний.
В статье «Интеграция геномики и транскриптомики для предсказания генов восприимчивости к диабетической ретинопатии », опубликованной в eLife , исследователи определили гены, которые по-разному реагируют на высокий уровень глюкозы у людей с диабетической ретинопатией и без нее.
Доктор Майкл Грасси, адъюнкт-профессор офтальмологии Медицинского колледжа UIC, его коллега, доктор Барбара Стрейнджер из Северо-Западного университета, и их команды поставили задачу определить гены, вызывающие диабетическую ретинопатию, осложнение диабета, вызванное повреждением светочувствительных элементов. ткань в задней части глаза — сетчатка — что приводит к потере зрения.
Грасси интересовался диабетической ретинопатией с тех пор, как начал свое клиническое обучение в качестве специалиста по сетчатке.
«Я встретил двух человек с разными исходами: 19-летнего, который в течение пяти лет хорошо контролировал диабет и ослеп, и ветеранов Вьетнама, который плохо контролировал диабет более 30 лет, но не имел проблем со зрением», — сказал Грасси. сказал.
В течение 10 лет Грасси изучал генетические основы диабетической ретинопатии. После нескольких попыток он, наконец, остановился на методе, который привел к выявлению генов, повышающих риск развития ретинопатии.
Грасси и его команда объединили несколько различных методов для идентификации гена, известного как фолликулин, или FLCN, который увеличивает риск развития ретинопатии. Они начали со сравнения уровней активности генов у людей с ретинопатией и без нее. Был идентифицирован набор генов, уникальных для людей с ретинопатией. Затем они взяли генетические маркеры этого набора генов и обнаружили, что многие из них связаны с развитием диабетической ретинопатии. Наконец, они проверили, могут ли изменения в уровнях некоторых из этих генов вызвать ретинопатию, и обнаружили, что повышенное количество FLCN увеличивает риск ретинопатии.
Группа исследователей изучила вызванные глюкозой изменения экспрессии генов в клеточных линиях людей с диабетом 1 типа, как с ретинопатией, так и без нее. Такой подход позволил по-новому взглянуть на болезнь. Идентификация однонуклеотидных полиморфизмов или SNP, связанных с такими изменениями, — eQtls (локусы количественных признаков экспрессии) — сопровождалась проверкой в независимых когортах. FLCN как посредник диабетической ретинопатии с использованием менделевской рандомизации еще больше укрепил этот метод.
«Изучение диабетической ретинопатии было сложной задачей, потому что она настолько неоднородна. Есть так много генетических факторов, которые могут внести свой вклад», — сказал Грасси.
Для этого исследования использовались клеточные линии, полученные из образцов крови из исследования по контролю диабета и его осложнений, или DCCT, крупного клинического исследования диабетической ретинопатии. Поскольку в исследовании DCCT были получены клеточные линии для каждого человека, оно позволило детально охарактеризовать степень тяжести ретинопатии у каждого человека.
Источник: