Существует два метода разведения нутрий: «в себе» и скрещивание.
При разведении «в себе» — основном в практике любительского нутриеводства — спаривают животных только одного цветового типа, или, как часто говорят, животных одной породы, то есть, не допуская спаривания нутрий разных цветовых типов. При скрещивании спаривают нутрий разных цветовых типов, получая в потомстве помесный молодняк обычно разной окраски. Разведение «в себе» позволяет получать однотипных зверей (такое разведение часто ещё называют и чистопородным, что не совсем правильно), совершенствуя стадо нутрий по важнейшим признакам. Из шкурок таких нутрий легко подбирать комплекты для пошива меховых изделий. Скрещивание широко практикуется для получения молодняка разнообразных цветовых типов, например самок стандартных нутрий спаривают с самцами бежевыми или белыми итальянскими, или перламутровыми. В специальной литературе приводятся данные по ожидаемой окраске потомства при различных вариантах спаривания нутрий основных цветовых типов. Например, при спаривании стандартных и белых итальянских, стандартных и бежевых, стандартных и перламутровых в потомстве будет получен молодняк серебристого окраса. Если же потомство серебристых нутрий, полученное от первого варианта скрещивания, скрестить между собой, то в приплоде будет по 25% стандартных и белых итальянских и по 50% серебристых щенков. То есть в первом поколении скрещивание дало помесный молодняк одной окраски, а дальнейшее разведение полученного потомства «в себе» дало расщепление по типу окраски.
При разведении цветных нутрий следует знать, что окраску животных обусловливают доминантные (доминирующие, или подавляющие других) и рецессивные (подавляемые) гены. Такие цветовые типы нутрий, как золотистые, белые азербайджанские и черные, обязаны своей окраской доминантным генам, а белые итальянские, бежевые и другие нутрии — рецессивным генам. При спаривании цветных нутрий, которые обязаны своей окраской рецессивным генам, со стандартными животными в первом поколении цветных щенков не будет, поскольку весь помет родится со стандартной окраской (серебристой), так как последняя является доминантной. При спаривании же стандартных нутрий с чистопородными золотистыми, белыми азербайджанскими или черными особями потомство будет окрашено в соответствующие цвета доминирующей особи — золотистые, белые или черные, но это потомство будет помесным (гетерозиготным) по стандартной окраске.
Так, при скрещивании чисто-черных нутрий со стандартными в первом поколении все потомство будет черным зональным. Если черных зональных покрыть стандартными нутриями, то потомство будет на 50% черным зональным и на 50% стандартным по окраске. Если случить золотистых или белых азербайджанских зверей со стандартными, то в первом поколении будет равное количество золотистых (или белых азербайджанских) и стандартных щенков.
Спаривание же нутрий золотистой окраски между собой, то есть разведение их «в себе», не следует практиковать, поскольку плодовитость самок снижается на четверть. То же относится и к разведению «в себе» белых азербайджанских нутрий. Таким образом, при разведении «в себе» нутрий различных цветовых типов надо знать происхождение их родителей. Если родители были чистопородными, то при спаривании их между собой в потомстве будут щенки, по окраске подобные своим родителям, а от их спаривания потомство будет различной окраски. Белые итальянские, перламутровые и бежевые нутрии обладают хорошей воспроизводительной способностью и высокой жизнестойкостью, по этим показателям они не уступают зверям стандартной окраски. Для сохранения чистого тона окраски белую итальянскую и бежевую нутрии необходимо разводить «в себе», а не проводить массового скрещивания с другими цветовыми типами для получения перламутровых нутрий, которые даже в одном помете различаются по оттенку окраски.