Во время инкубации происходит колонизация субстрата мицелием сиитаке, разложение субстрата ферментами гриба и накопление мицелием веществ, необходимых для плодоношения. Оптимальная температура для инкубации 25°С. Емкости с субстратом расставляют на стеллажах поодиночке или ставят в 2-3 ряда друг на друга. Основное — не допустить перегрева субстрата свыше 28-30°С, иначе может наступить гибель мицелия сиитаке из-за развившихся конкурентных плесеней типа Trichoderma, Mucor и др. Все время инкубации проходит в закрытых пакетах, поэтому влажность воздуха в помещении в это время не регулируется. Мицелий сиитаке вначале колонизирует субстрат, а затем довольно долго осваивает его питательные вещества. Инкубация длится от 40 до 120 дней в зависимости от нормы внесения мицелия, штаммовых особенностей и формулы субстрата, и т.д. После полной колонизации субстрата блок становится белым. Это фаза «белого» блока. Затем на блоке появляются белые мицелиальные вздутия различной формы. Потом блок начинает становиться коричневым. Это говорит о начале процесса созревания. Обычно на 40-60 день блок становится полностью коричневым. Это стадия «коричневого» блока. «Коричневый» блок полностью созрел для плодоношения. Коричневый цвет вызван активностью фермента полифенолоксидазы, который действует сильнее на свету или в присутствии кислорода. Коричневый мицелий формирует защитную оболочку на поверхности субстрата. Она предохраняет блок от высыхания и проникновения внутрь конкурентных микроорганизмов. При плохой термической обработке в субстрате бурно развиваются бактерии или плесени, препятствуя разрастанию мицелия сиитаке. Пакеты с субстратом должны быть герметичными до его полной колонизации мицелием сиитаке, чтобы конкурентные микроорганизмы не смогли проникнуть внутрь. Особенно опасны такие плесени кактриходерма (зеленая плесень) и нейроспора (оранжевая плесень). Весь инкубационный процесс (колонизация, образование узелков, стадия «коричневого» блока и начало образования примордиев) может происходить не только внутри герметичных пакетов. Иногда встречается и другой вариант культивирования. Субстрат инкубируют в пакетах 3-4 недели до полной колонизации, а затем мешки удаляют и субстратные блоки на стадии «белого» блока переносят в чистую камеру, где субстрат становится коричневым и образует примордии. При таком методе культивирования опасность заражения больше. В период инкубации можно освещать блоки по 6-8 часов в сутки с интенсивностью освещения 50-100 люкс для стимуляции появления примордиев сиитаке в конце инкубации.
