Мочеполовая система состоит из связанных между собой мочевого и полового аппаратов, которые образуют единую систему мочеполовых органов.
Мочевой аппарат состоит из почек, мочеточников и мочеиспускательного канала.
С помощью органов выделения из организма незамедлительно удаляются продукты распада, которые образовались в клетках в процессе жизнедеятельности организма.
Почки — парный паренхиматозный орган бобовидной формы, расположенный в поясничном отделе тела с обеих сторон позвоночника. Масса почек составляет 0,6-0,7% массы тела. Моча в почках образуется непрерывно. В ней содержатся продукты распада белков (азот, мочевина, органические кислоты), излишки минеральных солей и другие вещества. Моча из почек произвольно изливается в мочеточники, а из них поступает в мочевой пузырь. При наполнении мочевого пузыря мочой его стенки растягиваются, в результате нервно-рефлекторной реакции сфинктер открывается, и моча под действием мускулатуры мочевого пузыря выводится в мочеиспускательный канал, а из него — наружу.
В зависимости от возраста кролик выделяет в сутки от 180 до 440 мл мочи.
Мочеиспускательный канал органически связан с половой системой. У самок он открывается отверстием на дне преддверия влагалища. У самцов канал сравнительно широкий, заканчивается он отверстием на головке полового члена.
Половые органы самцов состоят из парных семенников с придатками, семяпроводов, мочеполового канала с придаточными железами (предстательная, пузырьковидная, куперовы), полового члена с препуцием и семенникового мешка. Семенники имеют удлиненную форму. Длина их 2,5-3,5 см, ширина 1,5 см, масса 2,5-3,5 г (с придатками масса 6-7 г). Они представляют собой трубчатые железы, в которых образуются спермии. Семенники у взрослых животных находятся в мошонке, а до 3-месячного возраста — в паховых каналах, из которых они при достижении возраста опускаются в мошонку. В месте впадения семяпроводов в мочеполовой канал расположены придаточные половые железы. Они выделяют секреты, которые разбавляют сперму и способствуют активному продвижению спермиев в половых путях крольчихи. Образование спермиев у самцов происходит непрерывно. При спаривании взрослый самец выделяет — 0,5-3,5 мл спермы.
Половые органы самок состоят из парных яичников, яйцеводов матки, влагалища, половой щели. Яичники находятся в брюшной полости, в области поясницы, в них вырабатываются яйцеклетки. От яичников отходят яйцеводы, которые вверху оканчиваются воронкой, охватывающей яичник. У крольчих матка двойная. Она не имеет тела, а состоит из двух рогов и двух шеек (две матки). Обе шейки своими каудальными концами впадают во влагалище. На протяжении года у крольчих в яичниках, в пузырьках — фолликулах — происходят рост и созревание яйцеклеток. Разрыв фолликулов и выход яйцеклетки (овуляция) в воронку яйцевода происходят через 10-12 часов после спаривания (провоцированная овуляция). Весь этот период сперма находится в половых путях крольчихи, и оплодотворение происходит в тот момент, когда яйцеклетка попадает в яйцевод. На месте лопнувшего фолликула образуется желтое тело, выделяющее гормон — прогестерон, который влияет на прикрепление оплодотворенной яйцеклетки к матке. Вес яичника около 0,25 г. Выход яйцеклеток из яичников происходит в результате спаривания или полового возбуждения.
Благодаря скороспелости, высокой плодовитости в течение года от одной крольчихи можно получить 4-6 и более окролов и вырастить более 30 крольчат.