Производство съедобных грибов не рекомендуется размещать вблизи постоянных источников инфекции (например, производство или использование триходермина). Следует учитывать, что грибные комарики-сциариды являются общими вредителями овощных культур и культивируемых грибов. Они могут заноситься из зараженных овощных теплиц.
При планировании грибоводческого комплекса необходимо предусмотреть разделение чистых и грязных зон и максимально изолировать их территориально, й проведение технологических операций разделить по времени выполнения.
По мере старения культуры происходит накопление вредных организмов, и отработанный субстрат представляет собой источник инфекции для следующих оборотов культуры. Нередко грибоводы оставляют на территории хозяйства отработанные блоки, часть из которых продолжают плодоносить. Впоследствии к ним добавляются некачественные и полностью бракованные блоки. Постепенно образуется свалка, и создается постоянный высокий инфекционный фон на территории грибоводческого предприятия. Поэтому для поддержания микосанитарной обстановки на высоком уровне и стабильной работы предприятия важное значение имеет своевременный вывоз отработанного субстрата с территории хозяйства и решение проблемы его утилизации.
Источником инфекции могут быть также исходные материалы для приготовления грибных субстратов. Поэтому складирование и хранение сырья рекомендуется предусмотреть в отдалении от чистой зоны. Помещения для приготовления субстрата при выращивании вешенки должно быть изолировано от помещений выращивания, иметь отдельный вход. Выполнение технологических операций должно быть организовано так, чтобы сначала выполнялись чистые работы, а потом грязные. Рабочих, занятых посевом мицелия, не следует использовать для выполнения работ в помещениях выращивания, где могут быть источники инфекции. Перемещение людей, техники, продукции должно происходить по принципу «из чистой зоны в грязную», а не наоборот.
При планировании бюджета грибного производства обязательно должна быть учтена статья расхода на осуществление санитарно-гигиенических и профилактических мероприятий.