Для получения своих семян, прежде всего, отбирают лучшие чистосортные растения и особенно тщательно ухаживают за ними.
Поверхность почвы над корневой системой мульчируют торфом для лучшего прогрева почвы и ускорения развития растений. Необходимо ограничить рост растений и количество образующихся на них кистей. Поэтому боковые побеги систематически удаляют, точку роста прищипывают (в начале августа), что дает возможность оставленным на семенные цели плодам и семенам лучше сформироваться и полнее вызреть на растении до уборки.
Меньше семян в плодах грушевидной и сливовидной форм, больше в округлых.
Обычно на семена берут хорошо развитые, типичные для сорта плоды со второй и третьей кисти (второй-третий плод с кисти). Семена более позднего формирования дают потомство с тенденцией к мельчанию плодов и меньшей скороспелости. Семена томата, полученные из зеленых плодов 40-дневного возраста, практически невсхожи. С увеличением возраста плодов при дозаривании увеличивается количество всхожих семян. Поэтому отобранные плоды в зависимости от степени их вызревания выдерживают в теплом помещении в темноте или на свету в течение 3-7 дней для созревания (дозаривания).
Когда плоды дозреют до легкого размягчения, их моют, разрезают поперек по диаметру, выпускают из них семена (с соком, частично с мезгой плода) в стакан или стеклянную банку и выдерживают их, периодически взбалтывая, до начала брожения (3-5 суток) и всплытия поверх мезги. При таком способе семена лучше и легче отделяются от сока и мезги. Признаком окончания процесса (скисания) служит появление пленки и осветление сока. Более длительное сбраживание опасно — семена могут прорасти. После сбраживания семена промывают в ситечке с металлической сеткой, погружая их в таз или миску с водой и протирая до полного освобождения от мезги. Отмытые семена раскладывают в один слой на бумаге или пластмассовых тарелках и высушивают в естественных условиях (на солнце или в помещении при комнатной температуре).
Высохшие семена хранят в бумажных пакетах, обычно в сухом месте при комнатной температуре. Семена томата слабо реагируют на температуру хранения (их можно хранить даже при минусовых температурах), однако следует помнить, что для них опасна высокая влажность воздуха. С 1 кг плодов можно получить 4-5 г семян, то есть 1000-1200 семян. Перед посевом семена нужно обязательно проверить на всхожесть. Высушенные семена способны сохранять всхожесть 4-5 лет и более.