Работа по очистке гнезд и ульев производится в таком порядке. В улей через леток пускают из дымаря 2—3 клуба дыма, направляя их в разные стороны гнезда. Открыв холстик над двумя крайними рамками, вынимают их из улья, стряхнув с них всех пчёл в улей. Вынутые рамки очищают стамеской или ножом от воска, прополиса, крупинок кала и ставят в переносный ящик; чтобы не остудить их и не привлечь пчел-воровок, ящик закрывают. Точно так же поступают с третьей, четвертой и пятой рамками; помещая их в ящик рядом с первыми двумя рамками, соблюдают тот же порядок, в котором они стояли в улье.
Рамки, испачканные поносом, после очистки от воска, прополиса и кала дезинфицируют спиртом (протирают тряпочкой, намоченной в спирте) или другим легко испаряющимся дезинфицирующим веществом.
Соты, испачканные поносом, при отсутствии в них расплода выбраковывают и перетапливают. Рамки с деткой, испачканные поносом, переставляют на край гнезда, рядом с диафрагмой. После выхода расплода их тоже выбраковывают и перетапливают на воск.
Стамеской и ножом очищают освободившуюся часть улья, тщательно отскабливая от стенок, фальцев и дна воск, прополис и кал. В очищенную часть улья переставляют из переносного ящика все рамки, располагая их в том же порядке, в котором они стояли в улье. Рамки покрывают холстиком (покровом) или потолочными дощечками. Точно так же поступают и с остальными рамками, то есть вынимают их по одной из улья, очищают и ставят в переносный ящик.
По мере освобождения второй половины улья от рамок стряхиваемые пчелы сами будут переходить в очищенную часть улья, располагаясь там на очищенных рамках. Но все же часть пчёл останется в неочищенной части улья; крылышком и дымом из дымаря их перегоняют в очищенную.
Потом очищают вторую половину улья и переставляют в нее из переносного ящика остальные рамки, располагая их в прежнем порядке.
Вся работа по очистке гнезд должна проводиться осторожно, чтобы не помять и не задавить матку, но вместе с тем по возможности быстро, чтобы не застудить расплод.
Работа по очистке гнезд в улье идет гораздо быстрее, если на пасеке имеются 2—3 запасных улья и все семьи здоровы, Проводится она в таком порядке. В улей с пчелами пускают 2—3 клуба дыма. После этого улей снимают с колышков (с подставки) на землю, а на его место ставят запасной улей. Потом открывают холстик над крайней рамкой, вынимают её из гнезда, стряхивают пчёл и очищают. Очищенную рамку ставят уже не в переносный ящик, а в приготовленный запасной улей. Точно так же поступают со второй и третьей рамками; все три рамки накрывают покровным холстиком.
С четвертой рамки пчёл стряхивают уже не в старый неочищенный улей, а в запасной; здесь они располагаются под холстиком на трех уже очищенных рамках. После этого четвертую рамку обычным порядком очищают, ставят рядом с третьей и накрывают холстиком. Точно так же поступают с остальными рамками.
Теперь остается смести пчёл из старого улья в запасной. Но прежде чем это делать, старый улей надо внимательно осмотреть — не осталась ли в нем матка. Если в нем будет обнаружена матка, её накрывают колпачком, подкладывают под колпачок бумажку и в таком виде переносят на рамки гнезда; здесь бумажку из-под колпачка вынимают, и матка уходит в гнездо.
Когда все запасные ульи будут использованы, приступают к очистке ульев, замененных запасными (в которых зимовали семьи). После очистки их дезинфицируют пламенем паяльной лампы и в дальнейшем используют при очистке остальных ульев пасеки. Если некоторые из ульев за зиму слишком отсырели и заплесневели или испачканы поносом, их после очистки сначала следует основательно просушить и только после этого употреблять в дело.