Созревание плодов у физалиса начинается с нижних ярусов растений: чем выше расположены плоды, тем они моложе и позже вызревают. Созревание определяют по подсыханию и посветлению чехликов, а также по ароматному запаху и окраске плодов, характерной для данного сорта. Созревшие плоды, как правило, опадают. Если стоит сухая погода, то они сохраняются на земле без порчи, особенно земляничный и перуанский физалисы, у которых чехлики значительно крупнее ягод. В сырую погоду внутрь чехликов проникают личинки, черви, повреждающие плоды. Не рекомендуется убирать плоды после дождя. Если же стоит затяжная дождливая погода, то плоды необходимо просушить или освободить от чехликов, иначе при хранении они будут портиться. Хотя плоды физалиса достаточно прочные, тем не менее, необходима предосторожность, исключающая их повреждение, так как пектиновые вещества быстро разрушаются под действием ферментов. Физалис выдерживает небольшие осенние заморозки. Однако подмороженные плоды хранятся плохо, поэтому надежнее окончательный сбор урожая проводить до наступления заморозков. Для длительного хранения плоды можно снимать слегка недозрелыми.
Так как недозревшие, плоды могут увеличивать количество сухих веществ за счет их оттока из стебля, то при небольшом количестве выращиваемых растений целесообразно перед заморозками убирать плоды вместе с растениями. Такие растения развешивают в сухом помещении или укладывают в штабель вершинами ветвей внутрь, а корнями наружу. Через 1-2 недели растения просматривают и собирают с них здоровые плоды.
Здоровые (неподмороженные) плоды хранят в сухом проветриваемом помещении в небольших решетчатых ящиках или на стеллаже слоем не больше 15 см. В таком виде при температуре 1-4°С недозрелые плоды можно хранить всю зиму, зрелые — 1-2 месяца. В сырых помещениях, особенно при хранении в кучах, они быстро загнивают и становятся непригодными для употребления в пищу. При хранении плоды периодически контролируют, выбирая все дозревшие и удаляя больные.