Плоды сладкого перца убирают обычно в технической зрелости. Технически спелыми считаются плоды, полностью сформировавшиеся (длина плодов с удлиненной формой не менее 6 см, диаметр плода с округлой формой не менее 4 см), с толстыми мясистыми стенками, с типичной для данного сорта окраской (светло-зеленой, зеленой, желтой) и характерным перечным ароматом. Семена при этом находятся в молочной или восковой зрелости. В зависимости от сорта и условий выращивания плоды технической спелости достигают за 30-45 дней с момента образования завязей. Плоды, собранные в фазе технической спелости, при хранении через 25-30 дней приобретают окраску, характерную для биологической спелости — красную, интенсивно-красную, оранжево-красную, кремовую или желтую. Есть сорта, у которых плоды убирают и используют в фазе физиологической зрелости, когда они приобретают свойственную сорту окраску (красную, оранжевую или желтую) и в них созревают семена.
При ручной уборке технически зрелые плоды собирают через каждые 5-10 дней, а физиологически зрелые — по мере созревания, с плодоножками. Чем чаще собирают плоды, не передерживая их на растении, тем выше будет урожай, т. к. образовавшаяся завязь и недоразвившиеся плоды получат относительно большее количество питательных веществ после уборки крупных плодов; при регулярном сборе уменьшается и опадение завязи. Поскольку стебли перца очень хрупкие, то убирать плоды надо осторожно. Лучше обрезать их ножницами или ножом, хотя плодоножка легко отламывается и руками. Собранные плоды могут храниться в сухом, умеренно теплом помещении в течение 1 и даже 2 месяцев. Острый перец после уборки просушивают в течение 5-6 дней в специальных или приспособленных помещениях, рассыпая плоды тонким слоем или нанизывая плодоножки на суровые нитки и развешивая в виде гирлянд. Стручки острого перца, содержащие не более 14% влаги, можно хранить в обычных складских помещениях.
Стандартные плоды сладкого перца должны быть свежими, чистыми, здоровыми, по форме и окраске соответствовать ботаническому сорту, с плодоножкой. Вкус должен быть сладковатым с легкой остротой. Плоды острого перца должны быть свежими, здоровыми, незагрязненными, целыми, с плодоножкой, в технической зрелости — зелеными, в физиологической — красными разных оттенков, иметь острый жгучий вкус.