Исследователи Универсального онкологического центра UCLA Jonsson, изучающие эволюцию рака, создали основу, чтобы помочь определить, какие комбинации инструментов лучше всего подходят для определения точного времени мутаций ДНК в геномах рака. В настоящее время существует множество различных алгоритмов, которые исследователи разработали, чтобы помочь определить время мутаций, но до сих пор было неясно, какой алгоритм будет лучше всего работать для какого рака и какие общие ошибки влияют на их результаты.
Рак — это болезнь генома. По мере развития рака его ДНК постоянно приобретает новые мутации, а популяция раковых клеток постоянно развивается. Знание порядка произошедших изменений позволяет исследователям изучить эволюцию рака с течением времени и увидеть, как популяция раковых клеток могла разнообразиться или стать более однородной. Разнообразие или однородность популяции раковых клеток связано с реакцией пациента на терапию и выявляет уязвимости, которые можно использовать для создания целенаправленных методов лечения.
В ходе исследования было оценено 22 различных конвейера для определения времени мутаций в геномах рака . Исследователи протестировали алгоритмы на когорте из почти 300 клинических образцов рака простаты, чтобы оценить каждый конвейер и увидеть, как их результаты различаются в различных аспектах. Это позволило команде увидеть вариативность инструментов и получить объективное представление о том, как работает каждый из них.
Понимание того, когда и почему опухоль дает метастазы или распространяется на другие части тела, может повлиять на то, как лечить больного раком. Структура, разработанная в ходе исследования, может помочь исследователям решить, какой инструмент будет наиболее точным для их случая, и разработать более персонализированный и адресный план лечения для пациентов, минимизируя риск рецидива рака в будущем.
Старшим автором является Пол Бутрос, доктор философии, профессор урологии и генетики человека в Медицинской школе Дэвида Геффена в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе, заместитель директора по информатике рака в Институте точного здравоохранения Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе и директор по науке о раковых данных в Онкологический центр Йонссона. Первый автор — Лидия Лю, доктор философии. кандидат в университете Торонто и приглашенный научный сотрудник в Калифорнийском университете в Лос-Анджелесе, под совместным руководством доктора Томаса Кислингера из Университета Торонто и доктора Бутроса из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе.
Источник: