Пока Китай пытается остановить распространение нового коронавируса, который уже заразил почти 10 000 человек и убил более 200 человек, исследователи сообщают, что новый подход к секвенированию генов может помочь более эффективно контролировать коронавирусы.
Коронавирусы у летучих мышей были связаны со вспышкой вируса, помеченного как 2019-nCoV, а также со вспышками таких заболеваний, как SARS и MERS.
Секвенирование следующего поколения (NGS) используется для мониторинга того, как вирусы распространяются и развиваются у животных, но рутинный и крупномасштабный мониторинг с помощью NGS может быть дорогостоящим и трудоемким, а также может упускать менее распространенные вирусные маркеры в образцах.
Эти проблемы побудили генетиков разработать менее затратные и более эффективные стратегии секвенирования генов.
В новом исследовании исследователи излагают новую стратегию обогащения для мониторинга коронавирусов, особенно тех, которые происходят от летучих мышей.
При таком подходе секвенирование генов «обогащается» тем, что исследователи называют зондами. Это крошечные фрагменты генетического материала, которые находят вирусную ДНК и связываются с ней, и они могут предоставить быстрый способ определить, где может скрываться вирусный генетический материал.
По словам авторов исследования, опубликованного 29 января в журнале mSphere, в ходе испытаний зонды успешно идентифицировали коронавирусы, и этот подход к обогащению повысил чувствительность и снизил затраты на секвенирование .
Они сказали, что этот подход может помочь им поддерживать библиотеку генетического материала новых коронавирусов и отслеживать происхождение и эволюцию коронавирусов, вызывающих вспышки.
«Мы не хотим заявлять, что обогащение — это панацея от всех проблем NGS, но в данном случае я думаю, что это шаг в правильном направлении», — сказала соруководитель исследования Линфа Ван, директор программы Emerging Infectious Заболевания в Медицинской школе Duke-NUS в Сингапуре.
Коронавирусы у летучих мышей особенно важно отслеживать, потому что считается, что эти вирусы могут инфицировать других животных, в том числе людей, отметил Ван.
Коронавирус, вызвавший смертельную вспышку атипичной пневмонии в 2003 году, тесно связан с вирусом, обнаруженным у летучих мышей, и, вероятно, возник от них. То же самое и с вирусом 2019-nCoV.
Исследователи сказали, что летучие мыши также являются известными резервуарами вируса Эбола, вируса Марбург, вируса Нипах и вируса Хендра, хотя обычно у них нет симптомов от вирусов.
«Коронавирусы, особенно передаваемые летучими мышами, остаются важным источником новых инфекционных заболеваний», — сказал Ван в пресс-релизе журнала.
По его словам, когда нет вспышек, исследователи могут создавать современные банки зондов, связанных с известными формами коронавирусов. Во время эпидемий исследователи могут использовать эту информацию для отслеживания эволюции вирусов и распространения инфекций среди животных и людей.
«Чтобы обогащение NGS действительно было успешным, мы должны относиться к нашей библиотеке датчиков как к живой библиотеке. Это будет постоянное стремление для нас», — сказал Ван.
По состоянию на среду вспышка коронавируса в Китае продолжала распространяться. Было зарегистрировано 5974 подтвержденных случая 2019-нКоВ, а количество смертей превысило 132.
В Соединенных Штатах было зарегистрировано пять случаев. Другие страны / регионы с зарегистрированными случаями включают Таиланд (14); Гонконг (8); Тайвань, Австралия и Макао (по 5); Сингапур, Япония, Южная Корея и Малайзия (по 4); Франция (3); Канада и Вьетнам (по 2); и Непал, Камбоджа и Германия (по одному).
Источник: