За два десятилетия, прошедшие с тех пор, как в рамках проекта «Геном человека» был нанесен на карту весь геном человека, усовершенствования в технологии помогли в разработке обновленных эталонных геномов, используемых для секвенирования. Но хотя эталонный геном человека GRCh38 (hg38) был выпущен более семи лет назад, более старый эталонный геном GRCh37 (hg19) по-прежнему широко используется в большинстве исследовательских и клинических лабораторий. В новом исследовании, опубликованном в Американском журнале генетики человека , исследователи из Центра секвенирования генома человека Медицинского колледжа Бейлора выявляют несоответствия генетических вариантов между двумя эталонами, создавая руководство для лабораторий по использованию улучшенного эталонного генома человека.
«Существует большой толчок к обновлению ресурсов геномного секвенирования для использования эталона hg38, потому что считается, что hg38 является значительным улучшением по сравнению с hg19», — сказал Моэз Давуд, соавтор исследования и студент программы подготовки медицинских ученых в Baylor. . «Мы хотели выявить различия в показаниях секвенирования между двумя эталонами для лабораторий, которые все еще используют hg19».
Исследователи Бэйлора проанализировали образцы секвенирования экзома от более чем 1500 участников программы Менделирующей геномики Центра Бейлора-Хопкинса. Они обнаружили 206 генов с дискордантными вариантами между hg19 и hg38, включая восемь генов, участвующих в менделевских заболеваниях, и 53 гена, связанных с фенотипами общих заболеваний. Они обнаружили, что 73% дискордантных вариантов были сгруппированы в секциях генома с известными проблемами сборки, которые исследователи назвали DISCordant Reference Patches (DISCREP).
«Это исследование не является теоретическим сравнением двух ссылок; мы изучили данные экзомов участников исследования и изучили влияние использования обновленных ссылок на менделевские гены и патогенные варианты», — сказал д-р Анико Сабо, старший автор исследования. учится и доцент Центра секвенирования генома человека. «Мы хотели предоставить список из 206 генов, обогащенных дискордантными вариантами, и обратить на этот вопрос внимание лабораторий, работающих над этими генами».
«Для вариантной интерпретации в 206 генах, обогащенных дискордантными вариантами, при анализе следует учитывать различия в эталонной сборке, особенно при переходе от одной ссылки к другой по координатам вариантов», — сказал д-р Хе Ли, соавтор учеба и научный сотрудник в Baylor во время исследования.
Переход от использования ссылки hg19 к ссылке hg38 требует значительного времени и ресурсов. Благодаря этому крупномасштабному исследованию данных секвенирования исследователи стремятся облегчить нагрузку на лаборатории, рассматривающие переход. В исследовании количественно оцениваются преимущества и недостатки нового эталона и подтверждается его полезность в лабораторных условиях.
«Одно дело — сделать ссылку лучше. И совсем другое — интегрировать ее в полезную практику», — сказал д-р Ричард Гиббс, старший автор исследования, директор Центра секвенирования генома человека и председатель Уоффорда Кейна и профессор молекулярных и человеческих наук. Генетика в Бэйлоре. «Некоторые лаборатории не решаются использовать новый эталон, но это исследование дает уверенность и рекомендации для тех, кто рассматривает возможность переезда».
Источник: