Племенная работа не ограничивается выбором качественного молодняка, а продолжается и с взрослыми шиншиллами. Ежегодно осенью, перед началом массового размножения шиншилл, проводится осмотр всего основного поголовья. Племенные зверьки должны постоянно сохранять свою форму, поэтому худших из них необходимо выбраковывать.
В первую очередь от основного поголовья отделяют больных и слабых зверьков, с неровным, буроватого оттенка мехом. Шиншиллы, не дающие приплода, также подлежат выбраковке. К ним относятся в первую очередь самки, не дающие нормального приплода в течение двух лет, а также те самки, которые поедают щенков, и маломолочные, поскольку искусственное выкармливание щенков — дело весьма трудоемкое.
Из самцов выбраковываются не покрывающие самок и бесплодные.
К числу бесперспективных для племенного дела относят зверьков, на протяжении ряда лет, не дающих качественного потомства. Обычно это становится ясно окончательно уже после ряда вязок с различными особями другого пола.